MTのデフォルトテンプレートではトップのみが２カラム、他は１カラムになっています。これをアーカイブ頁にもサイドバーを入れて、全頁を２カラムにしてみます。
3.2からはテンプレートとスタイルシートのid、class指定が大きく変わりましたが、２カラム・３カラムがこれまでより簡単に変更できるようになっているようです。カラム名がalpha、beta、gamma（３カラムの時に使用）となっているので、それぞれのカラムの中に入れたいものを入れればいいわけです。
頭の中を整理するためにメインページの構造を簡略化してみます。alphaカラムがどこで始まってどこで終るの分かりやすくするためにテンプレートに<!--alphaここから-->みたいな覚え書きを挿入しておくと作業がやりやすいです。
<body class="layout-two-column-right">
<div id="container">
<div id="container-inner" class="pkg">
<!--bannerここから-->
<div id="banner">
<div id="banner-inner" class="pkg">
</div>
</div>
<!--bannerここまで-->
<div id="pagebody">
<div id="pagebody-inner" class="pkg">
<!--alphaここから-->
<div id="alpha">
<div id="alpha-inner" class="pkg">
メインコンテンンツ
</div>
</div>
<!--alphaここまで-->
<!--betaここから-->
<div id="beta">
<div id="beta-inner" class="pkg">
サイドバー
</div>
</div>
<!--betaここまで-->
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
で、それぞれのアーカイブテンプレートに、<!--alphaここまで-->の下に<!--betaここから-->～<!--betaここまで-->を追加し、一番上のbodyクラスを「layout-one-column」から「layout-two-column-right」に変更します。これで全頁右サイドバー２カラムになっているはずです。