こちらで施した対策に、もう１つ方法を思いついたので、それもメモ。それはリネーム名をmt-config.cgiに記入する時点で文字参照にしてしまおう！というもの。例えばリネーム後がtb.cgiだとしたら、mt-config.cgiには以下のように記入します。
TrackbackScript tb.cgi
これならトラバ用スクリプト名が出力される全ての場所が文字参照になりますから、<$MTEntryTrackbackLink$>も<$MTEntryTrackbackData$>もそのまま使えます。（文字参照でトラバURLを書き出すと、クイック投稿や自動送信機能でトラバを送る際にエラーになりますので、このカスタマイズをした場合は無用な混乱を避けるため<$MTEntryTrackbackData$>は削除しておいて下さい。）
トラバＵＲＬをリネームするたびにテンプレを書き直す必要もないので、こちらの方が実用的かも。
ただし、動作確認はしてますが、試してみようという人は自己責任でよろしくお願いします(^^;。
＜2006.12.8 一部修正・追記＞
トラックバックスパム対策(3)の対策をした場合はmt-config.cgiまで変更する必要はありません。
ただし、複数のブログがあり、全てのブログでトラバURLを変更の度に手書きで直すのは面倒、という場合はトラバURLはmt-config.cgiで一括管理しておいた方が便利かもしれません。その場合はこちらの対策をしておくといいと思います。